<div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Ajay Gopinathan</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:agopinathan@ucmerced.edu">agopinathan@ucmerced.edu</a>></span><br>Date: Thu, Aug 31, 2017 at 1:58 PM<br>Subject: this friday's physics colloquium on microbiome may be of interest to qsb<br>To: Miriam Barlow <<a href="mailto:mbarlow@ucmerced.edu">mbarlow@ucmerced.edu</a>><br><br><br><div dir="ltr">Hi Miriam,<div> I thought this might be of interest to QSB faculty and students. If you could publicize, that would be great</div><div>Thanks much</div><div>Best</div><div>Ajay</div><div><br></div><div><h5>Event Start: 09/01/2017, 10:30 AM</h5><h5>Event End: <span class="m_801216741275137821gmail-aBn"><span class="m_801216741275137821gmail-aQJ">09/01/2017, 11:50 AM</span></span></h5><h5>Event Location: Classroom and Office Building 1, Room 263</h5><div style="font-size:12.800000190734863px"><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">The School of Natural Sciences Physics Colloquium 293:</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">“Glimpses of Gut Microbes in their Physical World “</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">By: Raghuveer Parthasarathy</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">Department of Physics<span class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201Apple-converted-space"> </span></p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">University of Oregon</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center"><span class="m_801216741275137821gmail-aBn"><span class="m_801216741275137821gmail-aQJ">Friday</span></span>, <span class="m_801216741275137821gmail-aBn"><span class="m_801216741275137821gmail-aQJ">10:30AM - 11:50 AM</span></span>, Classroom and Office Building, Room 263</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p2" style="text-align:center"> </p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">Abstract:</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p2" style="text-align:center"> In each of our digestive tracts, trillions of microbes representing hundreds of different species colonize local environments, reproduce, and compete with one another. Little is known about the physical structure and temporal dynamics of gut microbial communities: how they grow, fluctuate, and respond to perturbations. To address this and investigate microbial colonization of the vertebrate gut, my lab applies light sheet fluorescence microscopy to a model system that combines a realistic in vivo environment with a high degree of experimental control: larval zebrafish with defined subsets of commensal bacterial species. Light sheet microscopy enables three-dimensional imaging with high resolution over the entire intestine, providing visualizations that would be difficult or impossible to achieve with other techniques. I will describe this approach and focus especially on experiments in which a colonizing bacterial species is challenged by the invasion of a second species, which leads to the decline of the first group. We find that responses of bacteria to the mechanical contractions of the gut, and to contact-mediated inter-bacterial killing, can dictate apparent competition between microbes, suggesting a major role for physical mechanisms in guiding the composition of the gut micro biota.<span class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201Apple-converted-space"> </span></p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p2" style="text-align:center"> </p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p1" style="text-align:center">Bio:</p><p class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201p2" style="text-align:center"> Raghuveer Parthasarathy has been a professor at the University of Oregon since 2006. He received his Ph.D in Physics from the University of Chicago and was a Miller Postdoctoral Fellow at UC Berkeley before he joined the University of Oregon. He and his research group construct experiments to examine a variety of biophysical topics, exploring systems in which the complex interactions between individual components<span class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201Apple-converted-space"> </span>(biomolecules, cells, ... ) can give rise to, or be described by, simple and robust physical patterns. His projects fall under two main umbrellas: developmental biophysics and membrane biophysics. To explore these themes, the group devotes lots of effort to developing new optical and computational tools. Professor Parthasarathy's teaching interests mostly involve courses for non-science majors, including for example a recently developed "biophysics for non-scientists" class (The Physics of Life). Honors include the Alfred P. Sloan Fellowship and the NSF Career Award.<span class="m_801216741275137821gmail-m_-3931918743428668201Apple-converted-space"> </span></p></div><div><div class="m_801216741275137821gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">______________________________<br><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Ajay Gopinathan<br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Professor of Physics,<br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Director, <a href="http://ccbm.ucmerced.edu" target="_blank">NSF-CREST: Center for Cellular and Bio-molecular Machines</a>,</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">University of California, Merced,</font></div><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">5200 North Lake Road,<br>Merced, CA 95343<br>Ph: <a href="tel:(209)%20228-4048" value="+12092284048" target="_blank">209 228 4048</a><br>email: <a href="mailto:agopinathan@ucmerced.edu" target="_blank">agopinathan@ucmerced.edu</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Office: COB 356</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">web: <a href="http://faculty.ucmerced.edu/agopinathan" target="_blank">faculty.ucmerced.edu/<wbr>agopinathan</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">group: <a href="http://gopinathanlab.ucmerced.edu" target="_blank">gopinathanlab.ucmerced.edu</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Center: <a href="http://ccbm.ucmerced.edu" target="_blank">ccbm.ucmerced.edu</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
</div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Miriam Barlow<div>Associate Professor</div><div>University of California, Merced</div><div><br></div><div>209.228.4174</div><div><a href="mailto:miriam.barlow@gmail.com" target="_blank">miriam.barlow@gmail.com</a></div><div><br></div></div></div>
</div>